Однако музеи у этого мастера представлены весьма неравномерно.
Больше всего снимков (многие десятки!) он сделал в Ростовском музее к 300-летию дома Романовых.
"Музей. Ионинская комната. Ростов Великий", 1911 г.:

Высокое разрешение
На втором месте стоит Тверской музей, экспонаты которого Прокудин-Горских запечатлел довольно систематически. Всего он там сделал, по меньшей мере, 13 снимков (здесь можно посмотреть все).
Уникальные астрономические часы мастера-самоучки Волоскова в Тверском музее, 1910 г.:

Высокое разрешение
На третьем месте стоит Бородинский музей, который был тогда совсем маленьким и размещался в здании станции Бородино.

Высокое разрешение
Также он весьма подробно запечатлел чучела животных и птиц из коллекции Алина в Чердыни, которые были, по-сути, музейными экспонатами.
"Белая лисица. Чучела из коллекции Н. П. Алина в Чердыни", 1912 г.:

Высокое разрешение
Особую серию снимков так называемых "этруссих ваз" Прокудин-Горский сделал в Эрмитаже в 1908 г. Эти вазы вдруг начали терять свой цвет и фотографа пригласили специально для фиксации их состояния.
Тут надо сказать, что "этрусскими вазами" в дореволюционной России называли любую античную керамику. На самом деле на снимках запечатлены терракотовые фигурные сосуды из Фанагории (Таманский п-ов), конец V в. до н. э.:

Другие музеи представлены единичными снимками.
Наиболее загадочным из них является фото, подписанное в контрольном альбоме как "Курмы":

Этому снимку мы посвятили целое расследование и пришли к выводу, что бурятские костюмы Прокудин-Горский снимал, по всей видимости, в Музее антропологии и этнографии имени имп. Петра Великого (Кунсткамера), г. Санкт-Петербург. Возможно, в ближайшее время удастся окончательно подтвердить или опровергнуть данный вывод.
В музее Уральского общества любителей естествознания (г. Екатеринбург) Прокудин-Горский не только снимал, но и проводил лекции в сентябре 1909 г. с демонстрацией своих слайдов.
"Скелет широкорогого оленя в музее г. Екатеринбурга", 1909 г.:

Высокое разрешение
Уникальный экспонат сохранился до наших дней и стоит ныне в Краеведческом музее.
Пару снимков Прокудин-Горский сделал в заводском музее г. Златоуста.
"Горка из оружия в Арсенальном музее Златоустовского завода". 1910 г.:

Высокое разрешение
Также известно только два снимка экспонатов музея в далёком городке Фарабе на Закаспийской железной дороге (ныне это Туркменистан).
"Семена песчаных растений в Фарабском музее", 1911 г.:

Ещё Прокудин-Горский сделал снимок в музее, где хранится только один экспонат.
"Ботик Петра I. Близ Переяславля-Залесского", 1911 г.:

Высокое разрешение
Тобольский музей Прокудин-Горский снял лишь снаружи, 1912 г.:

Высокое разрешение
И это лишь в известной части коллекции!
P.S. Реставрации мои и братьев Ходаковских.